Genetisk signatur ger information om prognos vid tjock- och ändtarmscancer

Med hjälp av en unik samling genetiska och kliniska data för tjock- och ändtarmscancer har forskare vid Uppsala universitet identifierat nya genetiska förändringar och tagit fram ett nytt sätt att klassificera olika tumörvarianter, något som kan förbättra möjligheterna att utveckla individanpassad behandling. Det visar en studie som nyligen publicerats i tidskriften Nature.

Tjock- och ändtarmscancer, eller kolorektalcancer som det också heter, är den tredje vanligaste cancerformen och den näst dödligaste. Sjukdomen uppkommer då mutationer i vissa så kallade cancergener gör att celler växer till på ett okontrollerat sätt.

För att förstå kopplingen mellan de genetiska förändringarna och sjukdomsutveckling och ‑prognos har Uppsalaforskarna och deras samarbetspartner sekvenserat arvsmassan i tumör- och normalvävnad från över tusen patienter med kolorektalcancer.

– Eftersom vi också har tillgång till klinisk information för dessa patienter har vårt arbete lett till en av världens största samlingar av både genetiska och kliniska data för kolorektalcancer. Det är en banbrytande studie med stora mängder information för forskare inom detta område, säger Tobias Sjöblom, professor vid institutionen för immunologi, genetik och patologi, och en av forskarna som har lett studien.

I den första studien av det insamlade materialet har forskarna identifierat nästan hundra muterade cancergener. Av dessa var 9 nya för kolorektalcancer och 24 var inte kända sedan tidigare för någon cancerform. Forskarna analyserade också vilka typer av genetiska förändringar som förekom, som enstaka mutationer och förändringar av hela bitar av dna, samt förändringar som påverkade genernas aktivitet.

– Den genetiska information som vi fick fram jämförde vi sedan med den kliniska, och då specifikt data kring överlevnad. På så sätt kunde vi identifiera genetiska förändringar som har betydelse för sjukdomsprognos för vissa patientgrupper. En del av dessa fynd bekräftade tidigare resultat, en del var helt nya, säger Luis Nunes, forskare vid institutionen för immunologi, genetik och patologi, Uppsala universitet och en av studiens försteförfattare.

Forskarna har också använt resultaten från studien för att ta fram ett nytt sätt att molekylärt klassificera kolorektalcancer.

– Vår klassificering bygger på genernas aktivitet och med den kan man dela in nästan alla tumörer i fem olika subtyper med specifika molekylära egenskaper. Det är en mer förfinad indelning än de metoder som använts tidigare och ger en tydligare prognostisk bild för olika grupper av tumörer, säger Luis Nunes.

Luis Nunes, forskare vid institutionen för immunologi, genetik och patologi, Uppsala universitet och en av studiens försteförfattare.

Forskarna bakom studien tror att deras upptäckt av prognostiska mutationer och nya molekylära subtyper av tumörer har betydelse både för fortsatta studier av cancergener vid kolorektalcancer och för utvecklingen av nya diagnos- och behandlingsstrategier.

– Vår studie är ett viktigt framsteg i kampen mot kolorektalcancer. Vi hoppas att den kan leda till mer individanpassade och effektivare behandlingar som förbättrar utsikterna för patienterna, säger Tobias Sjöblom.

Tobias Sjöblom, professor vid institutionen för immunologi, genetik och patologi, och en av forskarna som har lett studien.

 

Studien har gjorts i samarbete med forskare vid Karolinska Institutet, Kungliga Tekniska högskolan, Umeå universitet och BGI Genomics i Kina.

Publikation:

Luis Nunes et al: “Prognostic genome and transcriptome signatures in colorectal cancers”, Nature. DOI: 10.1038/s41586-024-07769-3, https://www.nature.com/article…