SPATIAL TRANSKRIPTOMIK
SPATIAL TRANSKRIPTOMIK
Möjligheten att studera och analysera förekomsten av mRNA-molekyler i vävnader har tagit ett kvantsprång det senaste decenniet. Utvecklingen har möjliggjorts genom nya metodologiska landvinningar inom DNA-sekvensering. Detta beskrivs ofta med termen Next Generation Sequencing och förekommer i spekulationer om kommande Nobelpris. Den nya kunskapen kan på sikt bidra till förbättrad diagnostik och möjliggöra att val av behandling kan göras utifrån en vävnads genuttrycksmönster. Det skriver professor Joakim Lundeberg vid Science för Life Laboratory i en översikt av det spännande fältet.
Vår kunskap om hur kroppens vävnader utvecklas och fungerar har till stor del grundlagts under de senaste hundra åren. En stor del av denna kunskapsbas har erhållits genom att studera en vävnads detaljerade morfologi med mikroskopi. Numera går det även att visualisera närvaro av specifika enstaka molekyler (till exempel mRNA eller protein) på subcellulär nivå, vilket är oerhört värdefullt för många typer av analyser. Men begränsningen är just att det är enstaka biomarkörer som studeras i ett experiment även om man i viss utsträckning kan multiplexera, det vill säga kombinera ett mindre antal prober eller antikroppar i samma analys av ett vävnadssnitt. Signalen från en hybridisering med prober eller antikropps-antigen-bindning till en biomarkör i ett vävnadssnitt brukar inte heller betraktas som en strikt kvantitativ analysmetod. Uppsättningen av uttryckta gener/ proteiner i olika vävnader förändras på karaktäristiska sätt vid olika tumörsjukdomar. Detta studeras rutinmässigt i vävnadsprover för att kunna ställa rätt diagnos och därigenom kunna erbjuda patienter optimal och korrekt behandling. Faktum är att mer än hälften av de idag FDA-godkända companion diagnostics-kiten är baserade på mikroskopi i någon form där man använder prober eller antikroppar för att detektera en sjukdomsmarkör.
